第二轮全国艾滋病综合防治示范区(简称”示范区”)于2009年3月20日正式启动，周期5年,总目标是从2009年起，利用示范区率先落实国家各项艾滋病性病防治政策措施，探索解决艾滋病性病防治工作中出现的问题，减少新发艾滋病病毒感染、控制性病发病率，降低艾滋病病死率,提高艾滋病病毒感染者和病人生存质量，减轻艾滋病和性病的危害。经自治区积极争取，卫生部批准我区建立了15个示范区，其中3个为中央重点建设示范区，12个为中央与自治区共建示范区。

2010年,自治区依托全国艾滋病综合防治示范区进一步整合了中央补助地方艾滋病防治专项和中国全球基金艾滋病防治项目，统筹安排示范区资源和总体规划，组织各个示范区制定了2010年年度计划和工作方案，汇总、上报了工作信息，开展了现场技术指导和督导检查工作。2010年8-10月，自治区先后派出40人次赴15个示范区进行专项考核与指导，通过综合赋分进行排名，结果进行了通报。

我区第二轮全国艾滋病综合防治示范区工作目前总体进展顺利，但部分示范区工作较为滞后，有关部门未予高度重视。自治区近期已汇总、收集各地2010年第四季度报表、季度小结、年度报表和年度工作总结，同时组织15个示范区开展了2011年年度工作计划制订工作，通报了国家关键考核指标落实情况，要求各地认真总结，加快整改步伐，在综合防治措施的落实方面精心布局，全面提升工作质量，各项工作指标超越非示范区。