为推广第一轮全国艾滋病综合防治示范区（以下简称示范区）工作经验，进一步发挥示范区的重要作用，探索解决艾滋病防治工作中的重点、难点问题，推动全国艾滋病防治工作深入开展，卫生部、国务院艾滋病防治工作委员会办公室决定于2009年启动第二轮示范区工作，周期5年。经自治区积极申报争取，卫生部批准我区建立15个示范区，其中3个为中央重点建设示范区，12个为中央与自治区共建示范区；其他国际合作项目县（市、区）全部纳入第二轮示范区进行统筹管理。

为贯彻落实《卫生部办公厅关于启动第二轮全国艾滋病综合防治示范区工作的通知》（卫办疾控发[2009]37号）精神，加强第二轮全国艾滋病综合防治示范区工作管理，自治区艾滋病综合防治示范区管理办公室于2009年9月17-21日在乌鲁木齐市召开“新疆第二轮全国艾滋病综合防治示范区启动暨管理培训会议”，承担示范区工作的伊犁哈萨克自治州等11个地（州、市）级协调员，和26个示范区（包括中央重点建设示范区、中央与自治区共建示范区以及全球基金/中英艾滋病项目示范区）工作办公室负责日常工作的主任或副主任、疾控中心艾滋病科科长或技术负责人和汇总报表的工作人员共计80人参加了会议。会议开幕式由自治区疾控中心主任助理、性艾中心主任、自治区艾滋病综合防治示范区管理办公室常务副主任倪明健主持，自治区卫生厅疾病控制处处长、艾防办主任马明辉就做好第二轮全国艾滋病综合防治示范区工作做了重要讲话；会议对自治区第一轮5个示范区工作进行了总结，并肯定了第一轮5个示范区在全区艾滋病防治工作中起到重要示范区作用，详细介绍了第二轮全国艾滋病综合防治示范区工作指导方案和指标，对艾滋病综合防治示范区经费使用做出了严格要求，有关领导和专家分别讲解了艾滋病综合防治五年规划制定、第二轮示范区工作信息定期报告制度、以及季度和年度报表要求，对各地2009年示范区工作计划进行了现场统一修订。