自治区党委、政府历来十分重视地方病防治工作，明确提出十二五期间，把我区的地方病基本控制在国家标准之内的宏伟目标。实时出台了《新疆维吾尔自治区地方病防治十二五规划》，提出“十二五”期间，新疆要持续消除碘缺乏危害， 90%以上的县（市、区）实现消除碘缺乏病阶段目标，有效防止新发克汀病的发生，人群碘营养水平总体处于适宜状态。扩大完善地方病防治监测网络，配合水利部门完成已查明地方性氟砷病区及潜在高砷区的饮水安全工程和改水工程建设，加强建后管理，确保75%改水工程保持良好运行状态。加强潜在高砷区人群病情监测，防止出现高砷暴露危害。

党和政府加大力度在病区实施防病改水工程，推广普及碘盐的防治措施，在地方财政比较困难的情况下，多渠道筹集资金，支持地方病防治、碘盐价格补贴等防治措施的落实，使地方病防治工作取得了持续性的成效。

碘缺乏病防治工作经国家考核，我区碘缺乏病防治工作达到基本消除目标的要求。目前我区已有89个县（市、区）实现了消除碘缺乏病病阶段目标（94.68%）。经监测自2010年起没有筛查出新发克汀病例，至2013年全区合格碘盐食用率97.83%，南疆碘缺乏病重点病区8-10岁儿童尿碘中位数191.11ug/L，甲状腺肿大率1.65%，孕妇尿碘中位数184.33ug/L，人群碘营养水平总体处于适宜状态。         

饮水型氟中毒在南疆五地州分布31个县（市、区），2881个乡（镇、场），病区人口331万人。经过多年的防病改水工程措施的落实，病情得到了极大的缓解。至2013年6月，根据中评结果，南疆饮水型氟中毒病区改水累计达到了88.58%（十一五终期为87.25%）。

饮水型砷中毒在我区主要分布于乌苏市，病区人口3.82万人，高砷潜在病区主要在南疆喀什地区巴楚县、麦盖提县、伽师县、英吉沙县等地。经过多年的改水、降砷措施的落实，至2013年6月，我区饮水型砷中毒病区改水累计达到了98.21%（十一五终期为78.57%），高砷区改水累计达到了97.08%（十一五终期为91.25%），使病区病情得到了极大的缓解。