为全面落实《中国遏制与防治艾滋病“十二五”行动计划》以及《新疆维吾尔自治区遏制与防治艾滋病“十二五”行动计划》，推动艾滋病防治工作深入开展，2012年4月，自治区卫生厅根据“2012年全国艾滋病性病防治主要措施落实质量考评方案”以及各地工作重点，同所有地州签订了《新疆维吾尔自治区艾滋病防治工作任务协议书》，全面落实艾滋病防治绩效考核内容，决定于2012年年终考核地州工作执行情况，评定防治措施落实质量奖，绩效考核结果反馈各地州，通报自治区和当地人民政府。

自治区卫生厅在此次签订的协议中明确了“十二五”科技重大专项纳入伊犁州绩效考核工作指标，考核内容包括落实“十二五”科技重大专项“新疆伊犁州等防治艾滋病规模化现场流行病学和干预研究”各项工作内容，保证伊宁市、伊宁县、霍城县、新源县、巩留县、尼勒克县100万人艾滋病社区人群健康体检现场和数据录入工作顺利完成，积极推进艾滋病感染者/病人早期抗病毒治疗，保证伊宁市、伊宁县、霍城县队列研究工作规范开展，并努力探索卓有成效的综合防治模式。

“十二五”科技重大专项是继“十一五”科技重大专项之后自治区又一规模最大、影响力最为深远的任务研发型课题。将“十二五”科技重大专项纳入自治区绩效考核伊犁州工作指标，体现了自治区对国家科技重大专项和自治区艾滋病防治工作的高度重视与支持，有助于更好地落实“十二五”科技重大专项各项工作任务和指标。