新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心地方病防治科前身为新疆维吾尔自治区地方病防治研究所第四研究室，主要负责全区碘缺乏病、饮水型氟中毒、饮水型砷中毒、饮茶型氟中毒、农村饮水水质卫生监测和重点人群补碘应急处置工作。同时，还承担全区地方病和农村饮水的监测督导、技术指导、业务人员岗位培训、健康教育宣传及相关科研等工作，截止到2015年4月科室共有专业技术人员14人，其中高级职称7人，中级职称1人，初级职称6人；硕士研究生5人，博士后1人。

2002年，成立自治区疾病预防控制中心后，地方病防治科成为中心的业务科室之一。建设之初到现在，全区地方病防治工作始终围绕国家制定的地方病防治规划目标开展，由自治区地方病防治领导小组负责组织协调，得到了各级党和政府相关部门大力支持，地方病防治工作取得了长足的进步。监测网络逐步健全，碘缺乏病监测网络覆盖全区94个县市，饮水型氟中毒监测网络覆盖14个县市、饮水型砷中毒监测网络覆盖2个县市、饮茶型氟中毒监测网络覆盖6个县市、农村饮水水质卫生监测网络覆盖70个县市。实验室质量控制规范，全区尿碘、碘盐、水氟、水砷、尿砷实验室外质控考核连续四年保持100%的通过率。开展多种形式健康教育，以每年5.15碘缺乏病宣传日为契机，健康教育宣传覆盖94个县市。注意基层人才培养，每年对基层疾控业务人员开展培训约500人次。加强应急补碘工作，2007年至今，每年在重点病区开展约40万人次育龄期妇女口服碘化油补碘工作，累计280万人次。坚持免费碘盐发放，2007年至今，每年对300万贫困农村人口发放政府碘盐价格补贴的碘盐。十二五期间，与大学、儿基会、中国疾控开展各项科研合作项目3项，开展国家基金课题2项，自治区科技厅基金课题1项、卫生厅青年基金1项。各项防控措施的落实使得地方病病情危害得到有效控制。截止到2013年地方病防治“十二五”规划中期评估时，全区达到碘缺乏病消除目标的县市为89个，县级消除率为94.68%，全区人群碘营养处于适宜水平；全区饮水型氟中毒病区改水率累计达到了87.89%，饮水型砷中毒病区改水率累计达到了83.93%，因饮水引起的氟砷中毒病情得到极大缓解。